Hola LUCA83, te dejo un link donde vas a encontrar mucha info sobre muchas dudas qeu seguro tendras, incluyendo el tema transporte:
http://www.pescaenkayak.com/foro/contenido_index.asp
Respondiendo tu pregunta, tengo una partner y le puse tres portaequipajes de barra, les inserte antes de montarlo un flotaflota en cada uno para no lastimar el kayak.
Para atarlo utilizo un cabo de 6 mm doble depopa a el gancho de remolque, lo mismo para proa. con eso se que no se va a ir a ningún lado el kayak. Utiliza algún nudo que sea firme o realizá varios nudos por seguridad.
Adicionalmente le paso por los imbornales una cinta traka traka y la aseguro al mismo porta equipaje en sus puntas, previo darle un par de vueltas por el porta para mayor seguridad. Uso dos cintas, lara amarrar por los imbornales de donde una va centado y la otra por los imbornales donde uno pone los pies.
Es la forma más segura que conseguí hasta el momento.
si no conseguis los traka, utiliza soga elastica que te permite apretar más.
Ultima consideración, El kayak va con la cubierta hacia abajo, con la quilla hacia arriba y la proa hacia adelante. Es más aerodinamico.
Saludos.
Pablo